A Santa Casa de Feira de Santana é liderada por um Provedor, cuja função é exercida de forma voluntária. O cargo de provedor só pode ser exercido por um irmão da entidade, escolhido através de eleição direta em Assembleia Geral, com a participação de outros irmãos.

A gestão do provedor é acompanhada de perto pelos Conselhos de Administração, Fiscal e de Ética. Os membros dos respectivos conselhos também são escolhidos em eleição e o mandato tanto do provedor quanto dos conselheiros é de quatro anos.